A Pesti Megyeháza nemcsak az igazgatás és a politika, hanem az igazságszolgáltatás központja is volt, ahol törvényszék, börtön és kápolna működött egy fedél alatt.
A vármegyei börtön 1921-ig üzemelt az épület II. udvarában. A cellák ablakain lévő rácsok és a falakban fennmaradt priccsgerendák lyukai ma is őrzik a rabok emlékét, míg a kivégzésre várók egykori cellája ma biciklitárolóként funkcionál. Itt hajtották végre az ítéleteket 1848-ig az úgynevezett akasztó-udvarban, ahová egy ma már befalazott ajtón keresztül kísérték ki az elítélteket. A börtön híres lakói közé tartozott a korabeli betyárvilág két ismert alakja, Bogár Imre és unokatestvére, Bogár Mihály is.
Az épület egyik legszebb rejtett kincse a volt börtönkápolna, amely 1921 és 2001 között a Levéltár díszterme volt, ma pedig protokollteremként szolgál. A kápolna védett, 1940-ben készült ólomüveg ablakai – amelyeket Rákóczy Artúr tervezett és Zsellér Imre kivitelezett – Pest-Pilis-Solt-Kiskun vármegye nemesi családjainak (például az Eszterházy, Károlyi, Wesselényi, Fáy és a Kincsemről ismert Blaskovich családnak) és településeinek címereit őrzik.